Blätter-Navigation

An­ge­bot 268 von 544 vom 01.06.2021, 14:42

logo

Cha­rité - Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin - BIH-Zen­trum für Digi­tale Gesund­heit, Ber­lin Insti­tute of Health

Die Cha­rité - Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin ist eine gemein­same Ein­rich­tung der Freien Uni­ver­si­tät Ber­lin und der Hum­boldt-Uni­ver­si­tät zu Ber­lin. Sie hat als eines der größ­ten Uni­ver­si­täts­kli­nika Euro­pas mit bedeu­ten­der Geschichte eine führende Rolle in For­schung, Lehre und Kran­ken­ver­sor­gung inne. Aber auch als moder­nes Unter­neh­men mit Zer­ti­fi­zie­run­gen im medi­zi­ni­schen, kli­ni­schen und im Manage­ment-Bereich tritt die Cha­rité her­vor.

Wis­sen­schaft­li­che*r Mit­ar­bei­ter*in / Post­doc

Auf­ga­ben­be­sch­rei­bung:

Die meis­ten Nah­rungs­mit­tel­all­er­gien begin­nen in der frü­hen Kind­heit und stel­len die Wei­chen für lebens­lange All­er­gien. Unser Ziel ist es daher sowohl die frü­hen Ursa­chen als auch den Ver­lauf der Nah­rungs­mit­tel­all­er­gie zu erfor­schen, um ein aus­sa­ge­kräf­ti­ges Modell zur Vor­her­sage von Nah­rungs­mit­tel­all­er­gien zu ent­wi­ckeln. Zu die­sem Zweck haben wir ein Kon­sor­tium, NAMI­BIO (NAh­rungs­MIt­tel­all­er­gie BIO­mar­ker), mit Ver­knüp­fung zu den best­cha­rak­te­ri­sier­ten deut­schen Geburts­ko­hor­ten­stu­dien gegrün­det. Epi­ge­no­mi­sche Daten aus DNA-Methy­lie­rungs­se­quen­zie­run­gen und kli­ni­sche Daten wer­den ana­ly­siert, um eine maschi­nelle Lern­stra­te­gie zur Iden­ti­fi­zie­rung eines Bio­mar­ker-Sets zu ent­wi­ckeln. Vor­aus­sicht­li­cher Pro­jekt­start von NAMI­BIO ist der 01.07.2021.

Im Zen­trum für Digi­tale Gesund­heit unter der Lei­tung von Roland Eils steht trans­la­tio­nale, inno­va­tive Gesund­heits­for­schung im Vor­der­grund.
Das Zen­trum für Digi­tale Gesund­heit bie­tet eine dyna­mi­sche For­schungs­um­ge­bung sowie Zugang zu moderns­ten Rechen­res­sour­cen wie GPUs/DGXs, FPGAs und HPC. Die aus­ge­schrie­bene Stelle ist ein­ge­bet­tet in die For­schungs­gruppe für Com­pu­ter­ge­stützte Medi­zin unter der Lei­tung von Dr. Naveed Ishaque. Es fin­det eine sehr enge Zusam­men­ar­beit mit den PIs des Kon­sor­ti­ums, Prof. Irina Leh­mann und Prof. Roland Eils statt.

Ihre Auf­ga­ben im Rah­men des NAMI­BIO-Kon­sor­ti­ums sind die Kom­bi­na­tion von Kli­nik­da­ten mit genom­wei­ten epi­ge­ne­ti­schen Daten aus Nabel­schnur­blut, um eine maschi­nelle Lern­stra­te­gie zur Ent­schlüs­se­lung von lebens­mit­tel­all­er­gie­spe­zi­fi­schen Methy­lie­rungs­bio­mar­kern zu ent­wi­ckeln.

Sie wer­den fol­gende Pro­jekt­auf­ga­ben über­neh­men:
  • Ver­ar­bei­tung und Bewer­tung der Qua­li­tät von Ganz­ge­nom-DNA-Methy­lie­rungs­se­quen­zie­rungs­da­ten
  • Ana­lyse von DNA-Methy­lie­rungs­se­quen­zie­rungs­da­ten, ein­schließ­lich des dif­fe­ren­zi­el­len Methy­lie­rungs-Cal­ling
  • Imple­men­tie­rung von maschi­nel­len Lern­mo­del­len zur Iden­ti­fi­zie­rung von DNA-Methy­lie­rungs­si­gna­tu­ren im Zusam­men­hang mit Nah­rungs­mit­tel­all­er­gien
  • Unter­su­chung der Rolle epi­ge­ne­ti­scher Mecha­nis­men bei der Ent­wick­lung von Nah­rungs­mit­tel­all­er­gien mit dem Ziel der Defi­ni­tion epi­ge­ne­ti­scher Bio­mar­ker

Wis­sen­schaft­li­chen Mit­ar­bei­tern und Mit­ar­bei­te­rin­nen wird nach Maß­gabe ihres Dienst­ver­hält­nis­ses aus­rei­chend Zeit zu eige­ner wis­sen­schaft­li­cher Arbeit gege­ben.

Er­war­te­te Qua­li­fi­ka­tio­nen:

  • Eine Pro­mo­tion in Bio­in­for­ma­tik, Infor­ma­tik, Phy­sik, Bio­tech­no­lo­gie, Immu­no­lo­gie oder ähn­li­chem
  • Gute Erfolgs­bi­lanz bei der Ver­öf­fent­li­chung von peer-reviewed Arti­keln
  • Aus­ge­zeich­nete Pro­gram­mier­kennt­nisse, ins­be­son­dere in Python, R, Julia, Bash oder ähn­li­chem
  • Erfah­rung mit der Ver­ar­bei­tung und Ana­lyse von DNA-Methy­lie­rungs­da­ten
  • Fun­dierte sta­tis­ti­sche Kennt­nisse in der Ver­suchs­pla­nung ein­schließ­lich Con­foun­dern/Batch-Effek­ten und Power-Ana­lyse
  • Erfah­rung mit linux­ba­sier­ten HPC-Umge­bun­gen
  • Flie­ßende Eng­lisch­kennt­nisse (in Wort und Schrift)
  • Zuver­läs­sige, effi­zi­ente, und eigen­stän­dige Arbeits­weise; Moti­va­tion und hohes Inter­esse an wis­sen­schaft­li­chen Fra­ge­stel­lun­gen und bio­me­di­zi­ni­scher Daten­ana­lyse

Qua­li­fi­ka­tio­nen - wün­schens­wert:
  • Frü­here For­schungs­er­fah­rung in der Epi­ge­no­mik bzgl. All­er­gie oder Immu­no­lo­gie
  • Erfah­rung mit Metho­den des maschi­nel­len Ler­nens, ein­schließ­lich Prin­zi­pien wie over fit­ting, fea­ture impor­t­ance, nested cross vali­da­tion
  • Erfah­rung mit Ganz­ge­nom-DNA-Methy­lie­rungs­se­quen­zie­rungs­da­ten (z. B. unter Ver­wen­dung von Tools wie bis­mark, dss, bissnp, rnbeads)
  • Erfah­rung mit Genom-Epi­ge­nom-Inter­ak­tio­nen (z. B. unter Ver­wen­dung von Matrix eQTL)
  • Erfah­rung im Umgang mit Daten von Epi­ge­no­mik-Kon­sor­tien und Pro­jek­ten (z.B. ENCODE, ROAD­MAP, Blue­print, 4DN, genehan­cer)

Hin­wei­se zur Be­wer­bung:

Bitte sen­den Sie Ihre aus­sa­ge­kräf­tige Bewer­bung als 1 (!) PDF-Doku­ment unter der Angabe der Kenn­zif­fer an recruiting.digitalhealth@charite.de.