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Angebot 345 von 603 vom 17.11.2021, 12:42

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Cha­rité - Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin - CC02, Insti­tut für Bio­che­mie

Die Cha­rité - Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin ist eine gemein­same Ein­rich­tung der Freien Uni­ver­si­tät Ber­lin und der Hum­boldt-Uni­ver­si­tät zu Ber­lin. Sie hat als eines der größ­ten Uni­ver­si­täts­kli­nika Euro­pas mit bedeu­ten­der Geschichte eine füh­rende Rolle in For­schung, Lehre und Kran­ken­ver­sor­gung inne. Aber auch als moder­nes Unter­neh­men mit Zer­ti­fi­zie­run­gen im medi­zi­ni­schen, kli­ni­schen und im Manage­ment-Bereich tritt die Cha­rité her­vor.

PhD-Stu­dent*in/Dok­to­rand*in - Com­pu­ter­ge­stützte Pro­teo­mik & Soft­ware

Englisch

Cha­rité Cam­pus Mitte

Aufgabenbeschreibung:

Die Cha­rité – Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin ist eine der größ­ten und for­schungs­in­ten­sivs­ten medi­zi­ni­schen Uni­ver­si­tä­ten Euro­pas. Diese Posi­tion tei­len sich die Gruppe von Mar­kus Ral­ser (Direk­tor Insti­tut für Bio­che­mie) und das neu gegrün­dete Labor von Vadim Demi­chev (geför­dert im Rah­men des Natio­nal Rese­arch Node for Bio­me­di­cal Mass spec­tro­me­try (MSCORE­SYS), BMBF) im Insti­tut für Bio­che­mie. Wir sind füh­rend in der groß ange­leg­ten Pro­teo­mik und ver­wen­den rou­ti­ne­mä­ßig ultra­schnelle Pro­teo­mik-Work­flows (Ana­lyse von mehr als 1000 Pro­ben pro Woche pro Mas­sen­spek­tro­me­ter), die wir in enger Zusam­men­ar­beit mit Mas­sen­spek­tro­me­trie-Her­stel­lern wie Bru­ker und Sciex sowie Wirk­stoff­for­schungs­un­ter­neh­men eta­bliert haben. Hier bie­tet sich die ein­zig­ar­tige Gele­gen­heit, an der Ent­wick­lung unse­rer welt­weit füh­ren­den Pro­teo­mic-Daten­ver­ar­bei­tungs­soft­ware DIA-NN mit­zu­wir­ken und modernste Com­pu­ter­al­go­rith­men zur Ana­lyse von Pro­teo­mik-Daten zu ent­wi­ckeln.

Ihr Auf­ga­ben­ge­biet:
Wir suchen eine*n hoch­mo­ti­vierte*n PhD-Stu­dent*in/Dok­to­rand*in, um an moderns­ten Algo­rith­men zu arbei­ten für:
  • die Roh­da­ten­ver­ar­bei­tung pro­teo­mi­scher Daten - auf der Grund­lage von DIA-NN, um (i) neue Tech­no­lo­gien wie Scan­ning SWATH und dia-PASEF sowie noch nicht ver­öf­fent­lichte Ent­wick­lun­gen zu unter­stüt­zen (in Kol­la­bo­ra­tion mit Bru­ker und Sciex), ( ii) neue DIA-MS-Work­flows zu unter­stüt­zen, (iii) neue Metho­den für die Phos­pho­pro­teo­mik und Ubi­qui­ti­no­mik zu ermög­li­chen;
  • Metho­den zur sta­tis­ti­schen Ana­lyse und bio­lo­gi­schen Inter­pre­ta­tion groß ange­leg­ter pro­teo­mi­scher Daten.

Erwartete Qualifikationen:

Essen­ti­ell:
  • MSc-Abschluss oder gleich­wer­tig
  • Umfang­rei­che Erfah­rung in der C/C++ Ent­wick­lung

Sehr erwünscht:
  • Gute Kom­mu­ni­ka­ti­ons­fä­hig­keit für gemein­sa­mes Arbei­ten

Jeder der fol­gen­den Punkte ist ein Plus:
  • Nach­weis­bare Erfah­rung in der Imple­men­tie­rung kom­ple­xer Soft­ware in C/C++ (kann ein Hob­by­pro­jekt sein)
  • Erfah­rung in Deep-Lear­ning-Model­len mit Pytorch/Ten­sor­flow
  • Erfah­rung im gra­fi­schem User Inter­face Design

Die Arbeits­spra­che ist Eng­lisch. Auch Bewer­ber*innen mit mul­ti­dis­zi­pli­nä­rem Hin­ter­grund oder unge­wöhn­li­chen Kar­rie­re­we­gen wer­den ermu­tigt, sich zu bewer­ben.

Unser Angebot:

Wir bie­ten:
  • den Zugang zu einer Viel­zahl von hoch­mo­der­nen Mas­sen­spek­tro­me­tern, LC-Sys­te­men und Liquid-Hand­ling-Robo­tik von Sciex, Bru­ker, Thermo, Waters und Agi­l­ent, Beck­mann und Per­kin Elmer;
  • ein sehr zusam­men­ar­bei­ten­des Umfeld und die Mög­lich­keit, in engem Kon­takt mit ande­ren Grund­la­gen- und kli­ni­schen For­schungs­grup­pen der Cha­rité zu arbei­ten;
  • ein Poten­zial zur Lei­tung meh­re­rer Pro­jekte und ein hohes Maß an aka­de­mi­scher Frei­heit.
Wis­sen­schaft­li­chen Mit­ar­bei­tern und Mit­ar­bei­te­rin­nen wird nach Maß­gabe ihres Dienst­ver­hält­nis­ses aus­rei­chend Zeit zu eige­ner wis­sen­schaft­li­cher Arbeit gege­ben.

Hinweise zur Bewerbung:

Bitte sen­den Sie sämt­li­che Bewer­bungs­un­ter­la­gen, wie. z.B. Anschrei­ben, Lebens­lauf, Zeug­nisse, Urkun­den usw. unter Angabe der Kenn­zif­fer an fol­gende Adresse:

Cha­rité - Uni­ver­si­täts­me­di­zin Ber­lin
Insti­tute of Bio­che­mi­stry
Cam­pus Cha­rité Mitte
Cha­rité­platz 1/Virchow­weg 6
10117 Ber­lin

E-Mail­adresse zum Ein­sen­den der Bewer­bungs­un­ter­la­gen:
vadim.demichev@charite.de

Ansprech­part­ner*in für Rück­fra­gen:
Dr. VAK/Mos­kau Vadim Demi­chev
e-mail: vadim.demichev@charite.de